L'IA au service de l'étude fine des liens de causalité dans les systèmes biologiques

 

La description précise des liens de causalités entre le phénotype (p. ex., les maladies humaines complexes) et les variations génétiques sous-jacentes est l'un des thèmes fondamentaux des sciences de la vie et elle joue un rôle essentiel en médecine translationnelle. Ce projet consiste à utiliser des méthodes et des techniques basées sur l'IA pour décrire précisément les associations génotype-phénotype pour un sous-type cellulaire donné en combinant les techniques de triage CRISPR par activation et désactivation massivement parallèle sur cellule unique. L'Université de Toronto étudiera la détection précise des signaux associés aux maladies à partir des données omiques de cellules uniques. Le Conseil national de recherches du Canada étudiera l'utilisation d'ARN guides optimisés pour le dépistage par CRISPR et la construction d'une plateforme d'analyse et d'édition précise des données omiques de cellules uniques.

Équipe

Gary Bader, Ph. D.

M. Gary Bader est titulaire de la Chaire de recherche de l'Ontario sur l'étude des biomarqueurs des maladies à l'Université de Toronto. Expert en biologie computationnelle et en bio-informatique, il se spécialise dans l'utilisation des ordinateurs pour l'analyse de réseaux de molécules qui interagissent à l'intérieur des cellules et la génomique des cellules uniques. Les travaux de M. Bader visant à élucider l'impact des défaillances des mécanismes cellulaires sont importants pour mieux comprendre les causes des maladies et aider au développement de traitements plus efficaces.

Pour en savoir plus, consultez les pages sur le M. Bader (en anglais seulement) et son laboratoire de recherche (en anglais seulement).

Xiaojian Shao, Ph. D.

M. Xiaojian Shao est agent de recherches au sein du Conseil national de recherches Canada. Il est expert en génomique computationnelle, en épigénomique des maladies, en optimisation et en apprentissage machine, notamment en apprentissage profond. Ses travaux de recherche sont actuellement axés sur l'élaboration de méthodes statistiques et d'apprentissage machine pour établir des relations de causalité entre des variantes génétiques et des maladies ou des traits complexes chez l'homme.

Consultez la page des publications (en anglais seulement) de M. Shao.

Youlian Pan, Ph. D.

M. Youlian Pan est agent de recherches au Conseil national de recherches Canada. Il est expert en analyse de mégadonnées, en apprentissage machine, notamment en apprentissage en profondeur, en génomique fonctionnelle liée aux maladies humaines, y compris le cancer et les maladies neurodégénératives, et en biologie des systèmes liée à la tolérance et à la résistance aux facteurs de stress biotiques ou abiotiques qui affectent les céréales commerciales, dont le canola et le blé.

Pour en savoir plus, consultez les pages sur M. Pan (en anglais seulement) et ses publications. (en anglais seulement)

Biographies du personnel hautement qualifié (PHQ)

Hamed Heydari

Hamed Heydari est un doctorant supervisé par Gary Bader et Charles Boone au Centre Donnelly de l'Université de Toronto. M. Heydari conçoit de nouveaux modèles mathématiques pour l'analyse causale extensible des données génétiques et génomiques.